Этот эпизод связан с уклонением Михаила Ходорковского от уплаты подоходного налога. Следствие считает, что воспользовавшись налоговыми льготами, экс-глава «ЮКОСА» зарегистрировался в качестве предпринимателя без образования юридического лица и перешел на упрощенную схему налогообложения, оформив патент. После этого он заключил с двумя офшорными компаниями, зарегистрированными на о. Мэн (Великобритания), договор на оказание консультационных услуг. Прокуратура же утверждает, что никаких услуг Ходорковский не оказывал, а деньги получил в качестве вознаграждения за работу в контролируемых им коммерческих организациях.

Факты, описываются в обвинительном заключении следующим образом. 24 ноября 1997 г. и 1 марта 1998 г. Ходорковский подал в налоговую инспекцию №2 по ЦАО Москвы заявление на выдачу патента для перевода его на упрощенную систему налогообложения, учета и отчетности (освобождение от обязанностей уплаты подоходного налога с физических лиц и взносов в Пенсионный фонд) с 1 квартала до конца 1998 года. Прокуратура утверждает, что Ходорковский внес в этот документ заведомо ложные сведения о том, что он оказывает консультационные и управленческие услуги в качестве предпринимателя, осуществляющего свою деятельность без образования юридического лица.

На основании этого заявления Ходорковский получил патенты на право применения с 01 января по 31 декабря 1998 года упрощенной системы.

20 января, 2 марта и 5 октября 1998г. Ходорковский подписал договоры с компаниями «Hinchley Ltd» и «Status Services Limited», зарегистрированными на о. Мэн. Согласно этим контрактам Ходорковский должен был оказывать данным компаниям консультационные и информационные услуги по вопросам финансового, экономического развития и регулирования.

Полученное им в 1998 году вознаграждение составило 10 747 465 рублей. И он внес эти деньги в книгу учета доходов и расходов за предпринимательство как средства полученные им в качестве предпринимателя. При этом, как считает прокуратура, указанные суммы денег им получены в качестве вознаграждения за исполнение трудовых обязанностей в ЗАО «Роспром», а не за оказание консультационных услуг.

9 марта 1999 г. он подал в налоговую инспекцию №2 ЦАО Москвы декларацию о доходах за 1998 год, в которой показал сумму валового дохода от оказания консультационных услуг по экономическим вопросам, равную 10.747.465 рублей. Эта сумма не облагалась подоходным налогом с физического лица. Взамен была применена упрощенная система налогообложения в сумме стоимости патента всего в 2 004 рубля.

Таким образом, следствие считает, что Ходорковский незаконно не уплатил за 1998 год налоги и страховые взносы с доходов физического лица в сумме 3.805.413 рублей и 98.152 рублей взносов в Пенсионный Фонд.

19 ноября 1998 г. он повторно подал в налоговую инспекцию №2 по ЦАО Москвы заявление на выдачу патента. 29 декабря 1998 г. он получил патенты №№ АР 77 643065 и АР 77 643064 на право применения с 01 января по 31 марта 1999 года упрощенной системы налогообложения, а 31 марта 1999г. патенты №№ АР 77 643114 и АР 77 643113 на период с 01 января по 31 декабря 1999 года. 30 ноября 1998г. и 20 апреля 1999г. в он снова подписал договоры с зарубежной компанией «Status Services Limited» на оказание управленческих и консультационных услуг по вопросам финансового, экономического развития и регулирования в РФ. Полученное в 1999 году вознаграждение в сумме 142.352.000 рублей Ходорковский внес в книгу учета доходов и расходов предпринимателей. 3 февраля 2000г. он подал в налоговую инспекцию №2 ЦАО Москвы декларацию о доходах за 1999 год и показал сумму валового дохода от оказания консультационных услуг равную 142.352.000 рублей. Опять же была применена «упрощенная система налогообложения в сумме стоимости патента в 4 008 рублей».

Между тем, следствие, считает, что полученные от компании «Status Services Limited» 142.352.000 рублей деньги были фактически его вознаграждением за работу в ЗАО «Роспром» и ООО «ЮКОС-Москва».

Таким образом, по мнению прокуратуры, Ходорковским незаконно не были уплачены за 1999 год налоги и страховые взносы с доходов физического лица в сумме 50.726.773 рубля. Всего же за 1998- 1999 гг. он уклонился от уплаты налогов и страховых взносов на сумму 54.532.186 рублей.

На основании этих выводов Генпрокуратура предъявила Ходорковскому обвинение в уклонении физического лица от уплаты налога и страхового взноса в государственные внебюджетные фонды в особо крупном размере путем включения в декларацию заведомо искаженных данных о доходах (ч.2 ст. 198 УК РФ).

В связи с заключением этих договоров Генпрокуратура предъявила Ходорковскому также обвинение в подделке официальных документов, предоставляющих права и освобождающих от обязанностей в целях их использования (ч.2 ст.327 УК РФ). Оно обосновало его тем, что он вносил заведомо ложные сведения в заявления на выдачу патента и перевода на упрощенную систему налогообложения. А также тем, что он внес заведомо ложные сведения в договоры с «Hinchley Ltd» и «Status Services Limited», которые являются официальными документами, предусмотренными ст.ст.779-783 Гражданского кодекса РФ.